目前，西瓜藤枯病还没有很好的特效药。一般采用三唑酮、多菌灵、代森锰锌、百菌清、适乐时、福美双浸种。发病后，可交替使用青枯立克、甲基托布津、苯醚甲环唑、代森锰锌和百菌清。