由于硝基复合肥具有良好的溶解性，很容易导致土壤溶液盐浓度过高，导致幼苗燃烧。使用时应注意种肥的隔离。硝基复合肥一般应在作物收获前20天停止使用，以避免作物中亚硝酸盐超标。